ANRI melaksanakan pemusnahan arsip substantif dan fasilitatif sebanyak 160 boks dengan kurun waktu arsip dari tahun 1971 sampai dengan tahun 2001. Acara pemusnahan tersebut diawali secara simbolis oleh Kepala Biro Umum Multi Siswati, Inspektur Bambang Surowo, Kepala Biro Organisasi, Kepegawaian dan Hukum Rini Agustiani dan Kepala Bagian Arsip Prihatni Wuryatmini
Pemusnahan arsip merupakan rangkaian terakhir pengelolaan arsip dinamis setelah tahapan pemindahan arsip dan penyerahan arsip sesuai Perka ANRI Nomor 25 tahun 2012 tentang pedoman pemusnahan arsip. Pemusnahan arsip adalah kegiatan menghancurkan atau meniadakan fisik dan informasi arsip melalui cara-cara tertentu, sehingga fisik dan informasinya tidak dapat dikenali lagi. Arsip-arsip yang dimusnahkan telah diperiksa sebagai arsip yang diusulkan musnah, sesuai kriteria pemeriksaan bahwa arsip-arsip tersebut benar-benar telah habis jangka simpannya atau habis nilaigunanya dan telah dilengkapi daftar arsip usul musnah, telah melalui tahapan penilaian arsip dan diketahui secara jelas informasi tentang arsip-arsip yang akan dimusnahkan tersebut .
Untuk selanjutnya, arsip-arsip yang tidak dimusnahkan adalah yang mempunyainilai guna dan akan disimpan sebagai arsip statis di ANRI